This course curriculum was sent to me by a Thai student in Canada. I still find that it's interesting.

ผมเปิดหมวด การพัฒนาคอร์ส (Course Dev.) ทางชีวสารสนเทศ ไว้ในบลอกนี้ด้วย เผื่อติดตามพัฒนาการด้านนี้ รวมทั้งเพื่อเปิดโอกาส และกระตุ้นการแสดงความคิดเห็นด้วย >>>Read more

การแสดงออกของยีน ในภาวะปกติ และขณะเป็นมะเร็ง ตามตำแหน่งกายวิภาค

เนื่องจาก รูปแบบการแสดงออกของยีน มีประโยชน์ในการชี้แนะ บทบาทของยีนนั้นๆ ทั้งในภาวะปกติและภาวะโรค จึงเกิด โครงการกายวิภาคของยีโนมมะเร็ง (CGAP=the Cancer Genome Anatomy Project) เพื่อ เป็นแหล่งเก็บรวบรวมข้อมูลการแสดงออกของยีน แหล่งใหญ่ที่สุดสำหรับสาธารณะ โครงการนี้จะเก็บระดับการแสดงออกของยีน โดยใช้ การวิเคราะห์การแสดงออก ของยีนเป็นอันดับ (SAGE = Serial Analysis of Gene Expression)

SAGE Genie

คือ เว็บไซต์ภายใต้โครงการ CGAP ที่รวบรวมเครื่องมือวิเคราะห์ และการนำเสนอข้อมูล SAGE ซึ่งเครื่องมือเหล่านี้จะถูกสร้างขึ้นได้ ต้องมีวิธีการกำหนดชื่อของยีน ไปพ่วงติดกับ SAGE tag ได้อย่างอัตโนมัติและถูกต้อง เครื่องมือของ SAGE Genie มีดังนี้

  >>>Read more

ฐานข้อมูลด้านชีววิทยาระดับโมเลกุล

ฐานข้อมูลทางอณูชีววิทยา เป็นการเก็บข้อมูลจำนวนมากๆ ที่มีประสิทธิภาพและสะดวกในการใช้ ข้อมูลอาจอยู่ในรูปลำดับ (sequences) หรือโครงสร้าง เช่น ภาพเจล 2 มิติ (2-D gel) และภาพโครงสร้างสามมิติ เป็นต้น การเก็บข้อมูลอาจเก็บ ในลักษณะที่แตกต่างกัน เช่น รูปไฟล์ธรรมดาที่แก้ไขได้ง่าย (flat-file), ฐานข้อมูลประเภท relational database หรือ ฐานข้อมูลเชิงวัตถุ (Object-oriented database) ฐานข้อมูลอาจแบ่งได้หลายกลุ่ม เช่น ฐานข้อมูลบรรณานุกรม (Bibliography) ฐานข้อมูลอนุกรมวิธาน (Taxonomy) ฐานข้อมูลกรดนิวคลิอิก (Nucleic acid) และฐานข้อมูลยีโนม (Genome) เป็นต้น การใช้ฐานข้อมูลต่างๆ เหล่านี้ต้องรู้วิธีการเข้าและการเรียกใช้ข้อมูล

ตัวอย่างของฐานข้อมูล เช่น ในการวิเคราะห์ลำดับโปรตีน จะเกี่ยวข้องกับฐานข้อมูลสามชนิด คือ

ฐานข้อมูลปฐมภูมิ (Primary database)

คือ ฐานข้อมูล ที่เก็บลำดับของสารชีวโมเลกุล เช่น โปรตีน หรือกรดนิวคลิอิก และข้อมูลต่างๆที่เกี่ยวข้องกับลำดับนั้น เช่น เป็นของสิ่งมีชีวิตชนิดใด สปีชีส์ใด หน้าที่ การกลายพันธุ์ที่เกี่ยวกับโรคบางชนิด รูปแบบโครงสร้างและหน้าที่ (functional/ structural patterns) และบรรณานุกรม

>>>Read more