ชมวีดิทัศน์ ติวการใช้โปรแกรมที่เป็นเครื่องมือในเว็บของ NCBI (An overview of the National Center for Biotechnology Information) >>>Read more

ระบบวิเคราะห์ข้อมูลไมโครอาร์เรย์บนเว็บ ที่สามารถเพิ่มหรือเสริมต่อฟังก์ชั่นของระบบต่อๆไปได้โดยจะรบกวนการใช้งานของผู้ใช้เพียงเล็กน้อย (EMAAS, Extensible MicroArray Analysis System) และยังมีความยืดหยุ่นที่สามารถเพิ่มเติมอัลกอริธึมหรือวิธีการวิเคราะห์ตามความต้องการของผู้ใช้ในอนาคต

EMASS user interface อยู่ที่ http://www.emaas.org/EMAAS

รูปองค์ประกอบโครงสร้าง (EMAAS Architecture)
 

>>>Read more

This is my last article posted in my old blog at Bioinformatics Digest (http://www.u-sabai-d.com/blogWP/?p=45). It was posted on June 28, 2008.

เอ็นไซม์ โปรทีเอส ของไวรัสเอดส์ ทำหน้าที่ย่อยโปรตีนบางชนิด เพื่อเปลี่ยนแปลงตัวไวรัสให้สมบูรณ์สามารถติดเชื้อได้ ยากลุ่มหนึ่งที่ใช้ในการรักษาเอดส์มุ่งไปที่การยับยั้งการทำงานของเอ็นไซม์นี้ เนื่องจากว่าไวรัสกลายพันธุ์อย่างรวดเร็ว ยีนของเอ็นไซม์นี้ก็เปลี่ยนแปลงไป และเกิดไวรัสที่มีเอ็นไซม์ที่ดื้อยาขึ้นมา ซึ่งทำให้การรักษาไม่ได้ผล

มีการสังเกตพบว่า ในบรรดาไวรัสเอดส์ที่กลายพันธุ์ การกลายพันธุ์ที่เอ็นไซม์นี้จะเกิดขึ้นในลักษณะเกื้อกัน (cooperative effects) หรือกล่าวอีกอย่างคือ การกลายพันธุ์มักจะเกิดมาจาก กลไกกระทำที่เกื้อกัน (cooperative mechanism) >>>Read more

This is my article posted at  http://www.u-sabai-d.com/blogWP/?p=44 on June 05, 2008.

เซิร์ฟเวอร์ OligoWalk สำหรับออกแบบ siRNA

สวัสดีครับ ขออภัยที่เงียบไปพักหนึ่ง ทั้งนี้เพราะได้ลองเปลี่ยน ระบบปฏิบัติการของคอมพิวเตอร์ที่ใช้ กลับมาครั้งนี้ ก็ขอเขียนไดเจ็สเรื่องสั้นๆก่อน คือ เซิร์ฟเวอร์ที่ทำนาย small interfering RNA

การออกแบบ small interfering RNA (siRNA) อาจใช้เซิร์ฟเวอร์บริการได้หลายชนิด เช่น OligoWalk, sIR (siRNA Information Resource) และ AsiDesigner เป็นต้น ในที่นี้จะกล่าวถึง OligoWalk server >>>Read more

This is my article originally posted at  http://www.u-sabai-d.com/blogWP/?p=43 on May 14, 2008.

แบบจำลอง HMMs ในชีวสารสนเทศ

Hidden Markov Models (HMMs) in Bioinformatics

เนื้อหา แบ่งเป็น

1. Markov Process

2. Hidden Markov Models

3. Profile HMMs

เหลียวมองไปรอบๆ ไม่ว่าจะเป็นเรื่องอะไรก็ตาม ถ้ามีเหตุการณ์เกิดขึ้น เป็นลำดับต่อกันตามเวลา สามารถสร้างเป็นรูปแบบ (patterns) ที่นำไปใช้ประโยชน์ได้ เช่น ลำดับของคำในประโยค ลำดับของเสียง (phonemes)ในคำพูด และสำหรับข้อมูลทางชีวภาพ เช่น ลำดับของกรดอะมิในโปรตีน ลำดับของเบสในดีเอ็นเอ การที่จะรู้ว่ารูปแบบที่เกิดขึ้น ไปตามเวลานั้นเป็นอย่างไร จำเป็นต้องสร้างแบบจำลอง ของกระบวนการ ที่สามารถทำให้เกิดรูปแบบนั้นออกมาได้ ทั้งนี้โดยใช้สภาพแต่ละสภาพ เวลาแต่ละครั้ง ร่วมกับข้อสันนิษฐานบางอย่าง

ตัวอย่างเช่น สภาพของสาหร่ายทะเลที่เปียก หรือแห้ง สัมพันธ์กับสภาพอากาศฝนตก หรือแดดจ้า เกิดเป็นสองระบบที่สอดคล้องกัน คือสภาพของสาหร่ายที่สังเกตเห็นได้ และสภาพภูมิอากาศที่ไม่เห็น ถ้าสามารถสร้างแบบจำลองของระบบได้ ก็สามารถนำแบบจำลอง นั้นมาใช้แก้ปัญหาได้ ตัวอย่างเช่น บอกสภาพภูมิอากาศของสัปดาห์ เมื่อทราบสภาพของสาหร่ายทะเลในแต่ละวัน หรือถ้าให้ข้อมูลสภาพของสาหร่ายทะเลเป็นลำดับ ก็ทำนายว่ามันเป็นช่วงฤดูใด (ฤดูร้อนหรือฤดูหนาว) >>>Read more

I posted this article firstly on April 21, 2008 at http://www.u-sabai-d.com/blogWP/?p=39

เซิรฟเวอร์ สลิมดิสก์ (SLiMDisc)

สายโมทีฟสั้นๆ (short, linear motifs = SLiMs) คือส่วนของเปปไทด์สั้นๆ ของโปรตีนที่สำคัญในการทำหน้าที่ของโปรตีนนั้น

เพื่อให้เข้าใจโมทีฟนี้ ต่อไปนี้ คือตัวอย่างของ SLiMs

1.โมทีฟที่นำทางไปยังเป้าหมายภายในเซลล์ เช่น DxxLL (endosome-lysosome-basolateral sorting signal motif)

2.โมทีฟบอกตำแหน่งการดัดแปลงโปรตีนหลังการสังเคราะห์ (post-translational modification) เช่น NxC (N-linked glycosylation site motif)

3.โมทีฟที่เป็นบริเวณจับของโปรตีนอื่น (protein binding) เช่น (KR)xTQT (dynein light chain binding motif)

ปัจจุบันรู้จักโมทีฟ (ของยูคารีโอทส์) น้อยกว่า 100 กลุ่ม เชื่อว่ายังมีอีกเป็นร้อยๆที่รอการค้นพบ ดังนั้นการศึกษาเพื่อค้นพบโมทีฟเหล่านั้นจึงยังเป็นเรื่องที่สำคัญอยู่ >>>Read more

มีโครงการหาตำแหน่งบนยีโนม ที่มีข้อมูลอิพิจีเนติก (epigenome mapping projects) เกิดขึ้นหลายโครงการ ดังนี้

1. AHEAD Task Force

โครงการนานาชาติ

ย่อจาก Alliance for Human Epigenomics and Disease

ทำหน้าที่ริเริ่มและประสานงานโครงการ

ระยะแรก มุ่งพัฒนาโครงสร้างของระบบชีวสารสนเทศ และเริ่มการทำ epigenome mapping ในเนื้อเยื่อปกติ เพื่อใช้อ้างอิงในการศึกษา เซลล์ผิดปกติต่อไป

2. ENCODE

โครงการนานาชาติ (ทุนจาก NIH)

ย่อมาจาก Encyclopedia of DNA Elements >>>Read more

This is my article posted originally on April 17, 2008.

การสร้าง ประมวล และควบคุมคุณภาพ ข้อมูลอิพิจีเนติก

การทดลองเพื่อเก็บข้อมูลอิพิจีเนติก ทำได้หลายวิธี ทุกวิธีมี 3 ขั้นตอน ต่อไปนี้

1.) แปลงข้อมูลอิพิจีเนติกเป็นข้อมูลพันธุศาสตร์ (genetic information) ก่อน

เช่น หาบริเวณต่างๆในยีโนมที่เกี่ยวกับ การดัดแปลงฮีสโตน (ใช้ DNA library)

2.) ใช้เทคนิคเกี่ยวกับดีเอ็นเอ เช่น ดีเอ็นเอไมโครอะเรย์ หรือการหาลำดับเบส

3.) ใช้อัลกอริธึม อนุมานข้อมูลอิพิจีเนติก จากข้อมูลไมโครอะเรย์ หรือลำดับเบส ที่ได้

การทดลองต่างๆที่เกี่ยวกับ epigenome จะสร้างข้อมูลขึ้นมามากมาย จึงต้องมีวิธีที่มีประสิทธิภาพในการประมวลข้อมูลและควบคุมคุณภาพ

ก. วิธี ChIP-on-chip

จะใช้ Chromatin immunoprecipitation (ChIP) ในการรวบรวมชิ้นดีเอ็นเอจำเพาะชนิด ร่วมกับการใช้ไมโครอะเรย์ตรวจหา ความแตกต่างระหว่างดีเอ็นเอตัวอย่าง และดีเอ็นเอปกติ (control DNA) >>>Read more