Ks, Ka values

Submitted by stbinfo on Tue, 09/29/2009 - 07:30

การหาค่า Ka (non-synonymous nucleotide substitution) และ Ks (synonymous nucleotide substitution) ทำได้ 2 วิธีคือ วิธีประมาณค่า (Approximate method) และวิธีแมกซิมัม-ไลค์ลิฮูด (Maximum-likelihood method) โดยวิธี approximate method จะมี 3 ขั้นตอน คือ (1.) นับจำนวนตำแหน่งที่เป็น synonymous และที่เป็น non-synonymous (2.) นับจำนวนการแทนที่ชนิด synonymous และชนิด non-synonymous และ (3.) ปรับค่า(correcting)สำหรับการแทนที่ซ้ำหลายครั้ง (multiple substitutions) ส่วนวิธีแมกซิมัม-ไลค์ลิฮูด เป็นวิธีที่ใช้ทฤษฎีความน่าจะเป็นมาใช้

การหาค่า Ka และ Ks สามารถหาโดยใช้โปรแกรม PAL2NAL และ PAML >>>Read more

The COG database

Submitted by stbinfo on Tue, 08/18/2009 - 07:51

บทความสาระสำคัญเกี่ยวกับฐานข้อมูลกลุ่มโปรตีนที่เป็นออร์โธโลกัสกันของ NCBI

ไปที่ลิงค์นี้  COG_database หรือเปิดอ่านต่อ eBook ที่วางบนหน้านี้ >>>Read more

Search Strategies

Submitted by stbinfo on Sat, 08/01/2009 - 00:53

     การค้นหาเป็นงานพื้นฐานอย่างหนึ่งในการใช้คอมพิวเตอร์มาช่วยแก้ปัญหา บทความนี้จะพูดถึงเรื่องการค้นเทคนิคต่างๆซึ่งจะรวมการค้นอย่าง ละเอียด แบบฮูริสติก และการค้นแบบขยายและต่อกิ่ง โดยใช้ตัวอย่างปัญหาการหาเส้นทางที่สั้นที่สุดด้วยคอมพิวเตอร์ >>>Read more

Esophageal Cancer Databases

Submitted by stbinfo on Fri, 07/10/2009 - 15:33

มะเร็งหลอดอาหาร(EC) จัดอยู่ในความสำคัญของอุบัติการณ์ในอันดับที่ 8  การเสียชีวิตของผู้ป่วย EC มักเกิดจากการตรวจไม่พบระยะแรกร่วมกับการที่ยังไม่มีวิธีรักษาที่ได้ผลดีในระยะท้ายของโรค  ข้อมูลงานวิจัยที่เกี่ยวข้องมากมายมีอยู่กระจัดกระจาย  การมีฐานข้อมูลที่รวบรวมความรู้และข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับมะเร็งชนิดนี้จะเป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาประสิทธิภาพการวินิจฉัยและการรักษา

ฐานข้อมูลของมะเร็งที่มีข้อมูลของ EC คือ >>>Read more

Microarray: intro.

Submitted by stbinfo on Sun, 05/31/2009 - 21:28

บทความ What is microarray? นี้ผมเขียนประมาณปีเศษแล้ว ได้โพสต์ที่เว็บเดิม เผื่อบางท่านสนใจครับ กรุณาให้คำแนะนำเกี่ยวกับบทความด้วยจะเป็นข้อมูลที่ใช้ปรับปรุงครับ

คลิก attachment

คลิกขวา แล้วเลือกเปิดหรือบันทึกครับ

Test Download

Submitted by stbinfo on Sat, 05/23/2009 - 04:28

The picture is taken in Phitsanulok, Thailand. I place it here to test a module.

The Human Microbiome Project

Submitted by stbinfo on Tue, 05/19/2009 - 15:53

มนุษย์อาจเปรียบได้กับสิ่งมีชีวิตชนิดพิเศษ (supraorganism) เพราะว่าในร่างกายมนุษย์ยังมีสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กๆ (จุลินทรีย์) อาศัยร่วมด้วยซึ่งถ้านับจำนวนเซลล์แล้วมีมากกว่าเซลล์มนุษย์สิบเท่า จำนวนยีนในร่างกายของมนุษย์ในตอนเริ่มโครงการยีโนมมนุษย์ทำนายว่าน่ามีจะมียีนสัก 1 แสนยีน หลังเสร็จสิ้นโครงการกลับพบว่ามีประมาณแค่สองหมื่นเท่านั้น (พอๆกับจำนวนยีนของแมลงหวี่) อย่างไรก็ตามเนื่องจากการอาศัยของจุลินทรีย์แบบพึ่งพาอาศัยกัน มนุษย์น่าจะได้ประโยชน์จากยีนที่อยู่ในจุลินทรีย์ด้วย กลุ่มของจุลินทรีย์ที่อาศัยในร่างกายมนุษย์จะแตกต่างกันเพราะมนุษย์มีแหล่งอาศัยที่แตกต่างกันทั่วโลก มีการใช้ชีวิต การรับประทานอาหาร ลักษณะทางพันธุกรรมและอยู่ในสิ่งแวดที่แตกต่างกัน ความแตกต่างของกลุ่มจุลินทรีย์ที่อาศัยในร่างกายมนุษย์ทำให้มนุษย์มีกลุ่มยีนจากจุลินทรีย์ที่แตกต่างกันด้วย ดังนั้นยีนต่างๆของจุลินทรีย์ที่อาศัยในร่างกายมนุษย์จึงมีความสำคัญทั้งต่อสุขภาพและการเกิดโรคต่างๆของมนุษย์ได้ด้วย >>>Read more

Computer-designed ligands.

Submitted by stbinfo on Tue, 04/21/2009 - 14:36

การใช้คอมพิวเตอร์ออกแบบโปรตีนหรือเปปไทด์หรือโมเลกุลขนาดเล็ก ที่สามารถจับกับโปรตีนในร่างกายจะเป็นประโยชน์ที่จะเป็นเครื่องมือในการวิจัยและการใช้ในการรักษา ความยากอยู่ที่การออกแบบให้ได้โมเลกุลที่สามารถจับได้อย่างจำเพาะ
การทดลองออกแบบโปรตีนซึ่งเป็นลิแกนด์สำหรับจับกับแฟคเตอร์การลอกรหัส bZIP (human basic-region leucine zipper) >>>Read more

Prediction of ions/cofactors-protein binding sites

Submitted by stbinfo on Mon, 04/13/2009 - 11:21

การทำนายจะช่วยชี้แนะว่าโปรตีนใหม่ๆมีหน้าที่ทางชีวภาพอะไร
การทำนายตำแหน่งต่างๆบนสายโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการจับกับไอออนของโลหะหรือโคแฟคเตอร์ โดยใช้ SitePredict ซึ่งเป็นเว็บที่มีโปรแกรมทำนายที่สร้างจากการใช้เครื่องมือจัดจำแนกที่เรียกว่า Random Forest Classifiers

การสร้างเครื่องมือจัดจำแนก ใช้ชุดข้อมูลที่นำมาฝึกคอมพิวเตอร์ดังนี้

  1. จัดกลุ่มสายโปรตีนโดยใช้โปรแกรม CD-HIT ใช้โครงสร้างโปรตีนที่ได้จาก x-ray diffraction ในฐานข้อมูล PDB โดยใช้ความเหมือนกัน 25เปอร์เซ็นต์
  2. ในแต่ละกลุ่มนำมาจัดจำแนกตามการจับกับชนิดของลิแกนด์ หรือไม่จับ

คุณลักษณะ >>>Read more

Syndicate content