Reply to comment

ย่อจาก Integrated Next-gen Genome Analysis Pipeline
จุดเด่นหรือข้อดี คือสามารถใช้กับข้อมูลลำดับเบสจากฟอร์แม็ทหลายชนิด (Illumina, ABI/SOLID data, SOAP,MAQ, หรือ Roche/454 data) คือบูรณาการรวมข้อมูลเหล่านี้

1. ใช้สำหรับตรวจหา SNPs (ความถูกต้อง 97%) และ indels (ความถูกต้อง 94%) โดยใช้อัลกอริธึมเบย์เซียน (Bayesian) โดยเปรียบเทียบกับยีโนมอ้างอิงของ Roche/454 หรือ Illumina
2. นอกจากนี้ยังใช้ประกอบยีโนมแบคทีเรีย
3. และยังใช้สำหรับเปรียบเทียบยีโนมต่างๆพร้อมๆกัน

ไม่จำกัดความยาวยีโนม และสามารถใส่ข้อมูลลำดับเบสจำนวนมากถึง 454 ชุด

ดาวน์โหลด(มีทั้งสำหรับ ลินุกซ์ วินโดวส์เอ็กซ์พี และแม็ค) http://sites.google.com/site/nextgengenomics/ingap
ไม่ต้องติดตั้งยุ่งยาก เพียง extract โดยคำสั่ง
tar xvfz inGAP_*.tar.gz
แล้วคลิกเปิดโปรแกรมที่ไฟล์ชื่อ inGAP (หน้าต่างโปรแกรมปรากฏดังภาพ)
วิธีใช้อยู่ในเว็บที่ดาวน์โหลด

Reference: Ji Qi, Fangqing Zhao, Anne Buboltz and Stephan C. Schuster* (2009)