Reply to comment

เซิร์ฟเวอร์สำหรับใช้วิเคราะห์เปรียบเทียบยีโนม โดยการใช้เทคโนโลยี Ajax ในการสร้างส่วนที่ผู้ใช้งานในเบราว์เซอร์ที่โต้ตอบต่อผู้ใช้ได้ดีมากโดยไม่ต้องมีการติดตั้งโปรแกรม เวอร์ชั่น 1.0 สามารถใช้ตรวจดูความคล้ายคลึงกันของลำดับเบสในลักษณะการเขียนจุดในกราฟ (dot plot)ทำให้ตรวจดูชุดของจุดที่อยู่บนเส้นตรงเดียวกัน (collinearity) ได้ดีกว่าเบราว์เซอร์วิเคราะห์ยีโนมอื่นๆ เช่น MultiPipMaker และ UCSC genome browser โดยสามารถวิเคราะห์ได้มากถึงสองคู่

นอกจากนี้ยังสามารถเลือกให้แสดงลิงค์ข้อมูลยีนได้  ผู้ใช้อาจนำผลจากการค้นความคล้ายคลึงในโปรแกรมบลาสมาเข้าโปรแกรมนี้ การรวมเทคโนโลยี Google Maps API version 2 ด้วยทำให้บริเวณใช้งานไม่มีแถบสกรอล์บาร์ ผู้ใช้สามารถเลื่อนตำแหน่งของลำดับเบสขึ้นลงหรือไปซ้ายหรือขวา (กรณีต้องการให้ไม่แสดงลิงค์ข้อมูลยีนให้คลิกที่อักษร A) และผู้ใช้สามารถลากย้ายตำแหน่งส่วนต่างๆได้  กรณีที่ผู้ใช้ต้องการใส่รายละเอียดข้อมูลยีนของตนเองสามารถทำได้โดยอัพโหลดในฟอร์แม็ท gbk/gbff (GenBank Flat File Format) หรือ gff (Generic Feature Format) ในโปรแกรมยังใช้ระบบ TogoWS system ที่จะตรวจและดึงข้อมูลยีน (annotation data) จาก NCBI ให้ทันทีที่ตรวจพบว่ามีลำดับเบสนั้นใน NCBI ลักษณะต่างๆออกแบบให้ใช้ง่ายแม้ผู้ใช้ไม่มีความรู้ด้านคอมพิวเตอร์มากนัก

ในตัวอย่างวีดิทัศน์สาธิตเปิดใช้แบบ dual mode สามารถดูเปรียบเทียบลำดับเบสยีนออพซินของคนกับลิงชิมแปนซี และของคนกับลิงวอก (เรซัส มะคาค, Rhesus macaque)

สรุป องค์ประกอบ
• Ruby on Rails framework with JavaScript
• Google Maps API version 2
• BioRuby Library
• TogoWS system
 

ลิงค์ไปยังเซิร์ฟเวอร์ CGAS