Thymic Selection Model

Submitted by stbinfo on Thu, 05/27/2010 - 19:52

 การใช้แบบจำลองคอมพิวเตอร์ เพื่อพิสูจน์สมมุติฐานเกี่ยวกับการคัดเลือก T cell ในต่อมไธมัส พบว่าผลสอดคล้องกับการศึกษาในผู้ป่วยเอดส์

ในส่วนของหลักการขั้นตอนและสมมุติฐานอยู่ที่ http://www.scribd.com/doc/32040545/Thymic-Selection-in-silico

หมายเหตุ เพื่อที่จะทำให้เข้าใจเรื่องนี้มากยิ่งขึ้นควรอ่านเรื่องที่โพสต์ตอนต้นๆเกี่ยวกับ การทำนายการจับของเปปไทด์กับโมเลกุล MHC

Extract & Define a region in Artemis 4

Submitted by stbinfo on Tue, 03/23/2010 - 06:13

หรือไปที่ http://www.youtube.com/watch?v=t41fB7lbIVI

Pathogenicity islands with Artemis (3)

Submitted by stbinfo on Sun, 03/21/2010 - 23:39

My Note on Artemis (2)

Submitted by stbinfo on Fri, 03/19/2010 - 22:12

My Note on Artemis

Submitted by stbinfo on Thu, 03/18/2010 - 22:02

สวัสดีครับ หลังจากหยุดไปนานพอควร ก็มาอีกทีก็เข้าปีที่สองแล้ว (ถ้านับเริ่มจาก u-sabai-d ก็เป็นปีที่สี่)
วันนี้มาด้วยการแนะนำโปรแกรมสำหรับศึกษายีโนมชื่อ อาร์ทีมิส คงลงเป็นตอนๆตามเวลาที่จะอำนวยครับ

รายละเอียด เขียนไว้ที่ scribd ครับ ไปที่ http://www.scribd.com/doc/28563309/My-Note-on-Artemis-Part-I

You are missing some Flash content that should appear here! Perhaps your browser cannot display it, or maybe it did not initialise correctly.

 

หรือที่ยู๊ทูบ http://www.youtube.com/watch?v=I6XJtYsrrAI

 

 

inGAP

Submitted by stbinfo on Thu, 11/05/2009 - 16:15

ย่อจาก Integrated Next-gen Genome Analysis Pipeline
จุดเด่นหรือข้อดี คือสามารถใช้กับข้อมูลลำดับเบสจากฟอร์แม็ทหลายชนิด (Illumina, ABI/SOLID data, SOAP,MAQ, หรือ Roche/454 data) คือบูรณาการรวมข้อมูลเหล่านี้

  1. ใช้สำหรับตรวจหา SNPs (ความถูกต้อง 97%) และ indels (ความถูกต้อง 94%) โดยใช้อัลกอริธึมเบย์เซียน (Bayesian) โดยเปรียบเทียบกับยีโนมอ้างอิงของ Roche/454 หรือ Illumina
  2. นอกจากนี้ยังใช้ประกอบยีโนมแบคทีเรีย
  3. และยังใช้สำหรับเปรียบเทียบยีโนมต่างๆพร้อมๆกัน

ไม่จำกัดความยาวยีโนม และสามารถใส่ข้อมูลลำดับเบสจำนวนมากถึง 454 ชุด >>>Read more

My Note on Ajax (Beginner)

Submitted by stbinfo on Thu, 10/29/2009 - 09:35

เพิ่งอ่านหนังสือ อะแจคซ์ สำหรับมือใหม่สุดๆ ก็เป็นหนังสือที่ดี แนะนำสำหรับผู้ที่เป็นมือใหม่เหมือนกันครับ ระหว่างเรียนรู้ก็ทำโน๊ตเก็บไว้ (บางส่วนอาจจะสั้นจนไม่รู้เรื่อง ก็เมล์มาคุยได้---แต่ขอเวลานึกก่อน)

คลิกที่ attachment

test VDO: Zoomable image

Submitted by stbinfo on Tue, 10/20/2009 - 16:25

 

You are missing some Flash content that should appear here! Perhaps your browser cannot display it, or maybe it did not initialise correctly.

 

 

โดยใช้ g-language ซึ่งมีเทคโนโลยี Google Map View API

ถ้าดูวีดิทัศน์ไม่ได้ เปิดจากยู๊ทูพก็ได้ครับ http://www.youtube.com/watch?v=hfWn4xgbSaM

 

CGAS

Submitted by stbinfo on Mon, 10/12/2009 - 11:46

เซิร์ฟเวอร์สำหรับใช้วิเคราะห์เปรียบเทียบยีโนม โดยการใช้เทคโนโลยี Ajax ในการสร้างส่วนที่ผู้ใช้งานในเบราว์เซอร์ที่โต้ตอบต่อผู้ใช้ได้ดีมากโดยไม่ต้องมีการติดตั้งโปรแกรม เวอร์ชั่น 1.0 สามารถใช้ตรวจดูความคล้ายคลึงกันของลำดับเบสในลักษณะการเขียนจุดในกราฟ (dot plot)ทำให้ตรวจดูชุดของจุดที่อยู่บนเส้นตรงเดียวกัน (collinearity) ได้ดีกว่าเบราว์เซอร์วิเคราะห์ยีโนมอื่นๆ เช่น MultiPipMaker และ UCSC genome browser โดยสามารถวิเคราะห์ได้มากถึงสองคู่ >>>Read more

Syndicate content